それぞれのインストーラーを使い、インストール先ディレクトリをそれぞれ別の場所に指定。

例:xampp5.6.3は C:/xampp に
  xampp1.7.1は C:/xampp.1.7.1 に

メインで使う方はそのままにし、それ以外のxamppのサービスのポート番号を変える

例:Apacheのポート変更
  C:/xampp.1.7.1/apache/conf/httpd.conf
   Listen 80 ⇒ Listen 81 に
   ServerName localhost:80 ⇒ ServerName localhost:81 に
  C:/xampp.1.7.1/apache/conf/extra/httpd-ssl.conf
   Listen 443 ⇒ Listen 444 に
   
   ServerName localhost:443 ⇒ ServerName localhost:444 に

これで複数のapacheを同時に起動できるようになる。